O 3º Batalhão de Policiamento de Área de Fronteira – 3°BPAF – foi criado pelo Decreto Estadual n° 43.766, em 28 de Abril de 2005, sendo instalado, de fato, em 25 de Junho daquele mesmo ano, em Jaguarão.

Seu 1° comandante foi o Ten Cel Júlio Cezar Schwantz Oliveira. O 3°BPAF, recém instalado, foi sediado à Rua Augusto Leivas, n°1034, no Centro, na cidade de Jaguarão, local em que permanece até os dias atuais.

A chegada da Brigada Militar a Jaguarão ocorreu em 1930 com um grupamento de 25 homens, oriundo do 3º Batalhão de Guardas, sediado na cidade de Rio Grande. Quanto ao local a Brigada Militar foi provisoriamente instalada no prédio da Intendência Municipal.

Logo após, o então destacamento do 3º Batalhão de Guardas recebeu sede própria junto à Cadeia Municipal, hoje Presídio Estadual de Jaguarão, situado na Praça Bento Gonçalves, nº 25.

Em 24 de Novembro de 1971, foi deslocado para Rua Augusto Leivas, nº1034.  Assim, passou à condição de 3º Companhia de Policia Militar, do 6º Batalhão de Policia Militar da cidade de Rio Grande, tendo um Pelotão na sede e dois Pelotões destacados, sendo um na cidade de Arroio Grande e outro na cidade de Herval.

Em 11 de outubro de 1988, foi desmembrado do 6º Batalhão de Policia Militar, de Rio Grande, e passou a pertencer ao Comando Regional de Policiamento Ostensivo Sul (CRPO/SUL), sediado na cidade de Pelotas, passando a denominar-se “Companhia de Jaguarão”, contando com dois pelotões na sede.

Em 01 de abril de 2004, passou a ser a 5º Companhia do 4º BPM da cidade de Pelotas, tendo o 1º e 2º Pelotões em Jaguarão, o 3º na cidade de Arroio Grande, o 4º na cidade de Herval e o 5º nas cidades de  Pedro Osório e Cerrito.

Em 28 de abril de 2005, conforme decreto Nº 43.766, passou a denominação de 3º Batalhão de Policiamento de Área de Fronteira, permanecendo sua sede na Rua Augusto Leivas, nº1034, contando com duas companhias: a 1ª Cia, em Jaguarão, e a 2ª Cia em Arroio Grande, esta com 01 Pelotão em Herval e 01 Gpm em Pedras Altas.