A história do 39º BPM em Palmeira das Missões teve seu início no ano de 1967, quando foi instalado no município, no prédio situado na Rua Pinheiro Machado, nº 303, o 3º Pelotão Policial Militar do 7º BPM, comandado pelo então 1º Ten PAULO DIETRICH LAVIGNE.

Em Julho de 1969, devido aos graves problemas sociais que se abatiam contra a sociedade, ampliou-se o Pelotão para a 3º Companhia de Polícia Militar. Quatro anos mais tarde, em 1973, a 3º Companhia mudou-se para o Sobrado da Independência, situado na Avenida Independência, nº 1.575.

Durante os anos seguintes a fração ampliou sua responsabilidade territorial, recebendo mais efetivo e aumentando sua demanda administrativa. Na década de 1980 ficou visível a necessidade da ampliação das instalações da BM ou até mesmo a criação de um local próprio; a comunidade palmeirense, ciente disso, envidou esforços e através da Prefeitura Municipal, conseguiu construir no terreno doado pelo saudoso MORENO DE LIMA FORTES, o novo e definitivo prédio da Brigada Militar até os dias atuais.

Na década de 1990, a 3º Companhia Policial Militar do 7° BPM passou a ser responsável por 10 (dez) municípios vizinhos. Com o advento da reestruturação da Corporação, em 17 de Julho de 1.998, a 3º Companhia Policial Militar passou a se denominar Companhia de Palmeira das Missões.

No ano de 2001, a Companhia de Palmeira das Missões, mais uma vez sofreu os efeitos de uma nova reestruturação da Corporação passando a se denominar  Microrregião 07 – Palmeira das Missões.

Denominada sede de Microrregião, continuou com a denominação Companhia de Palmeira das Missões, mas aumentou sua responsabilidade administrativa, passando agora a abranger 15 municípios.

Ao entrar no Século XXI com a criação do 37º BPM, com sede em Frederico Westphalen, a Companhia de Palmeira das Missões, passou a subordinar-se ao 37º Batalhão, sendo denominada 3ª Companhia PM do 37º BPM, ficando com a responsabilidade territorial em 08 municípios.

Em 29 Dezembro de 2005, através do Decreto n° 44.216, a Companhia de Palmeira das Missões passou, a denominar-se 39° BATALHÃO DE POLICIA MILITAR, com responsabilidade territorial em 19 municípios, sendo eles: Boa Vista das Missões,  Cerro Grande, Condor,  Constantina, Dois Irmãos das Missões, , Engenho Velho, Jaboticaba, Lajeado do Bugre, Liberato Salzano, Novo Barreiro, Novo Tiradentes, Novo Xingu, Palmeira das Missões, Panambi, Pinhal, Sagrada Família, Santa Bárbara do Sul, São José das Missões e São Pedro das Missões.

A instalação ocorreu em 23 de Fevereiro de 2006, data em que comemoramos o Aniversário do Batalhão.

Em 25 de maio de 2009 através da Portaria nº 364/EMBM/2009, publicada em Boletim Geral nº 095 foi criado o Pelotão de Operações Especiais (POE) no 39º BPM. O POE do 39º BPM foi criado com a missão de apoio Operacional às Frações do 39º BPM e também a outras Unidades em situações especiais.

O primeiro Cmt do 39° BPM foi o então Major JERÔNIMO FERREIRA BARBOSA que permaneceu até o dia 10 de junho de 2013; assumindo o Comando o Maj QOEM GERSON LUIZ PEREIRA DE SOUZA E SILVA, que permaneceu até 07 de agosto de 2016 e no dia 08 de Agosto de 2016, assumiu o Maj QOEM ROMULO RICARDO SERAFINI (in memoriam) até a data do seu falecimento em 21/02/2019.

Após o falecimento do antigo Comandante, o Capitão JOÃO ANTONIO WINTER PEDROSO, assumiu o Comando Interinamente até o dia 24 de março de 2019, sendo que na data de 25/03/2019 assumiu o Comando Interinamente o Capitão JARBAS LUIZ BOHRER.

O Major QOEM JARBAS LUIZ BOHRER, permaceu a frente do 39º BPM até 25 de janeiro de 2022, onde o Tenente Coronel QOEM PAULO CÉSAR DA SILVA BAIRROS, apresentou-se em 26 de janeiro de 2022 e assumiu o Comando da unidade.