O Comando dos Órgãos de Polícia Militar Especiais teve sua origem em 22 de fevereiro de 2002, através do Decreto Estadual 41.427, e foi instalado oficialmente em 25 de março de 2002, junto ao QCG.
O Comando dos Órgãos de Polícia Militar Especiais (COE), subordinado ao Comando-Geral, é o responsável pelo planejamento, controle e fiscalização das atividades técnicas e administrativo-operacionais dos OPM Especiais ( Art. 22 do Dec 42.871/2004).
Na sua estrutura possui como subordinados os seguintes batalhões:
Batalhão de Polícia Fazendária;
Batalhão de Policia de Guarda;
Grupamento de Supervisão de Vigilância e Guardas;